Для корректировки уже сопоставленных товаров, необходимо зайти в раздел товары:
Далее вкладка заполнение, указываем магазин и путь к файл эксель и указываем в колонке артикул 1с (если в файле есть артикул 1с) его номер колонки.
Пример
Далее нажимаем “Заполнить по эксель”.
Далее Вы увидите, что в табличной части подгрузилось наша таблица:
Далее идет шаг с подбором, так как в нашем примере мы грузили артикула, мы нажимаем по артикулу, можно по любому другому в зависимости, что у нас есть в эксель.
Далее видим, что в табличной части подобралась номенклатура:
А далее в разделе корректировка выбираем нужный реквизит который хотим подкорректировать:
При таком значении, мы на всех позициях установим чтобы не выгружался остаток 
Если установим ложь, то тогда остаток будет выгружаться.